Acetat-Puffer pH 5,0 (0,1 mol/l) findet in der Biochemie und Molekularbiologie Anwendung, besonders in enzymatischen Reaktionen, DNA-Aufreinigung und Immunoassays. Dabei ist es geeignet, den pH-Wert stabil zu halten, eine wichtige Eigenschaft, da Enzymaktivitäten stark von pH-Schwankungen beeinflusst werden. Bei der Nutzung von Acetat-Puffer werden Wasserstoffionen (H+) und Acetat-Ionen (CH3COO-) gebildet. Die Fähigkeit des Puffers, Wasserstoffionen aufzunehmen oder abzugeben, ohne den pH-Wert signifikant zu verändern, ermöglicht die Aufrechterhaltung des spezifischen pH-Umfelds. Damit werden konsistente experimentelle Bedingungen sichergestellt, was wiederum reproduzierbare Ergebnisse ermöglicht.

Der Puffer hat eine Konzentration von 0,1 mol/l. Die Osmolarität, abgeleitet aus der Konzentration der gelösten Teilchen, beträgt 0,2 osmol/l, da sowohl Natriumacetat als auch Essigsäure jeweils ein osmotisch aktives Teilchen beisteuern. Die Pufferkapazität ebenfalls bei etwa 0,1 mol.